Ces établissements peuvent faire l’objet de démarches économiques et environnementales pour la gestion des pollutions (effluents) et de l’énergie (cuisson, eau chaude…). En Franche-Comté plusieurs filières ont été expérimentées :
Bois-énergie : Depuis la réalisation de la chaufferie à granulé de la coopérative fromagère de Grange de Vaivre en 1998, d’autres coopératives ont répété ce choix. Dans le Jura et le Doubs, 5 coopératives utilisent le granulé de bois ou le bois déchiqueté comme énergie pour la cuisson du comté (Grange de Vaivre (39), Saint-Maurice-Crillat (39), Arsure-Arsurette (39), Epenoy (25) et Mignovillard (39)).
L'énergie solaire thermique peut également être envisagée pour réduire les coût de chauffage de l'eau chaude sanitaire. Si la toiture présente une orientation favorable il est également envisageable de mettre en place une installation solaire photovoltaïque afni deproduire le courant qui pourra ensuite être vendu.
Méthanisation : ce procédé, envisageable sur certains sites pour réduire les pollutions occasionnées par les effluents permet de produire de la chaleur qui peut être valorisée sur place. La coopérative de Bannans qui utilise les effluents de la porcherie voisine et la société Perrin-Vermot à Montmahoux sont équipées de méthaniseurs depuis 1985 et 2001.
